COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 15.850203 15.850203 16.994364
2021-04-13 17:00:00 15.336801 15.336801 17.463388
2021-04-12 17:00:00 19.542433 19.542433 18.125706
2021-04-11 17:00:00 18.437723 18.437723 18.479246
2021-04-10 17:00:00 17.177248 17.177248 18.814611
2021-04-09 17:00:00 17.603153 17.603153 19.208253
2021-04-08 17:00:00 15.950096 15.950096 19.630943

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 14.050027 14.050027 14.594798
2021-04-13 17:00:00 10.970996 10.970996 13.918392
2021-04-12 17:00:00 12.605042 12.605042 13.126231
2021-04-11 17:00:00 17.417619 17.417619 13.010517
2021-04-10 17:00:00 16.481994 16.481994 12.749866
2021-04-09 17:00:00 20.068611 20.068611 12.949312
2021-04-08 17:00:00 14.948732 14.948732 13.049997

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 29.551821 29.551821 25.246012
2021-04-13 17:00:00 26.111908 26.111908 25.202907
2021-04-12 17:00:00 33.632287 10.932945 25.123661
2021-04-11 17:00:00 33.512786 33.512786 25.043917
2021-04-10 17:00:00 24.289773 24.289773 24.626394
2021-04-09 17:00:00 27.272727 27.272727 24.448325
2021-04-08 17:00:00 28.596491 28.596491 24.420074

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 15.761821 15.761821 16.207443
2021-04-13 17:00:00 15.619924 15.619924 16.138028
2021-04-12 17:00:00 15.096860 15.096860 16.081415
2021-04-11 17:00:00 22.851638 22.851638 16.198537
2021-04-10 17:00:00 15.402002 15.402002 15.943674
2021-04-09 17:00:00 14.755043 14.755043 15.714837
2021-04-08 17:00:00 18.324226 18.324226 15.520867

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 14.342216 14.342216 15.428449
2021-04-13 17:00:00 16.935568 16.935568 15.956381
2021-04-12 17:00:00 21.025485 21.025485 16.104971
2021-04-11 17:00:00 21.977240 21.977240 16.036250
2021-04-10 17:00:00 13.440301 13.440301 16.059009
2021-04-09 17:00:00 13.426261 13.426261 16.051621
2021-04-08 17:00:00 13.152344 13.152344 16.048911

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 22.641012 22.641012 35.052120
2021-04-13 17:00:00 28.597450 28.597450 34.437228
2021-04-12 17:00:00 62.896175 62.896175 35.855464
2021-04-11 17:00:00 37.524054 37.524054 36.505204
2021-04-10 17:00:00 44.486581 44.486581 37.461414
2021-04-09 17:00:00 44.900422 44.900422 38.381387
2021-04-08 17:00:00 25.934861 25.934861 39.332889

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 17.519380 17.519380 13.604354
2021-04-13 17:00:00 10.409652 10.409652 14.536982
2021-04-12 17:00:00 17.484009 17.484009 14.754509
2021-04-11 17:00:00 13.445378 13.445378 15.006169
2021-04-10 17:00:00 17.006508 17.006508 15.210086
2021-04-09 17:00:00 12.918108 12.918108 15.471888
2021-04-08 17:00:00 13.958461 13.958461 15.912892

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 6.079779 6.079779 6.574758
2021-04-13 17:00:00 6.584083 6.584083 6.524369
2021-04-12 17:00:00 14.390742 5.380778 6.549602
2021-04-11 17:00:00 8.526777 8.526777 6.599810
2021-04-10 17:00:00 7.447567 7.447567 6.654864
2021-04-09 17:00:00 6.903363 6.903363 6.822344
2021-04-08 17:00:00 5.875107 5.875107 6.987978

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 14.817492 14.817492 16.276971
2021-04-13 17:00:00 10.153846 17.010989 16.213735
2021-04-12 17:00:00 14.312442 18.451824 16.496715
2021-04-11 17:00:00 16.222760 19.467312 16.620986
2021-04-10 17:00:00 15.589354 15.589354 16.741223
2021-04-09 17:00:00 15.111271 15.111271 16.886616
2021-04-08 17:00:00 13.414211 13.414211 16.786192

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 25.075705 25.075705 28.444652
2021-04-13 17:00:00 35.098632 35.098632 27.308111
2021-04-12 17:00:00 21.362760 21.362760 27.219628
2021-04-11 17:00:00 25.549390 25.549390 27.538301
2021-04-10 17:00:00 30.010091 30.010091 28.113451
2021-04-09 17:00:00 30.088738 30.088738 28.622679
2021-04-08 17:00:00 26.932059 26.932059 29.227225

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 15.421776 15.421776 13.419429
2021-04-13 17:00:00 10.979228 10.979228 12.801654
2021-04-12 17:00:00 11.623037 4.562269 12.652225
2021-04-11 17:00:00 16.804636 16.804636 12.724950
2021-04-10 17:00:00 16.897959 16.897959 13.008485
2021-04-09 17:00:00 16.986095 16.986095 13.448701
2021-04-08 17:00:00 17.326733 17.326733 13.758365

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 7.154213 7.154213 6.016906
2021-04-13 17:00:00 0.000000 0.000000 5.557921
2021-04-12 17:00:00 8.615385 8.615385 5.285513
2021-04-11 17:00:00 5.837174 5.837174 5.213220
2021-04-10 17:00:00 9.764919 9.764919 5.096356
2021-04-09 17:00:00 7.202680 7.202680 5.170882
2021-04-08 17:00:00 3.375527 3.375527 5.179751

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 4.193038 4.193038 5.669222
2021-04-13 17:00:00 5.870445 5.870445 5.595261
2021-04-12 17:00:00 4.810997 1.019665 5.807818
2021-04-11 17:00:00 8.105148 8.105148 6.049068
2021-04-10 17:00:00 5.523810 5.523810 6.417029
2021-04-09 17:00:00 6.828057 6.828057 6.731363
2021-04-08 17:00:00 7.953817 7.953817 6.982105

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 44.333333 44.333333 42.189879
2021-04-13 17:00:00 42.960289 42.960289 42.809817
2021-04-12 17:00:00 27.586207 42.084168 42.248783
2021-04-11 17:00:00 40.259740 40.259740 42.516316
2021-04-10 17:00:00 36.643836 36.643836 42.334851
2021-04-09 17:00:00 55.729167 55.729167 42.327323
2021-04-08 17:00:00 40.097800 40.097800 42.769046

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 20.478156 20.478156 18.455010
2021-04-13 17:00:00 15.349985 15.349985 18.840060
2021-04-12 17:00:00 21.052632 9.142529 19.354550
2021-04-11 17:00:00 24.900181 24.900181 19.869580
2021-04-10 17:00:00 17.372823 17.372823 20.397908
2021-04-09 17:00:00 23.469521 23.469521 20.963390
2021-04-08 17:00:00 22.503726 22.503726 21.736953

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 63.077575 63.077575 39.981411
2021-04-13 17:00:00 44.994333 44.994333 41.169781
2021-04-12 17:00:00 28.506471 28.506471 40.678465
2021-04-11 17:00:00 34.899846 34.899846 41.393673
2021-04-10 17:00:00 47.249869 47.249869 42.089155
2021-04-09 17:00:00 36.094317 36.094317 42.038423
2021-04-08 17:00:00 52.724359 52.724359 42.530488

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 11.180401 7.750557 9.235888
2021-04-13 17:00:00 9.470026 9.470026 9.216829
2021-04-12 17:00:00 11.880805 11.880805 9.332519
2021-04-11 17:00:00 9.964893 9.964893 9.326237
2021-04-10 17:00:00 10.625000 10.625000 9.300388
2021-04-09 17:00:00 8.864007 8.864007 9.434956
2021-04-08 17:00:00 6.707719 6.707719 9.460606

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 13.317212 13.317212 13.816941
2021-04-13 17:00:00 12.817188 12.817188 14.300048
2021-04-12 17:00:00 14.361496 14.361496 14.923143
2021-04-11 17:00:00 15.577191 15.577191 15.746780
2021-04-10 17:00:00 13.902715 13.902715 16.746442
2021-04-09 17:00:00 13.937766 10.372291 18.116427
2021-04-08 17:00:00 12.748886 12.748886 19.618225

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 14.028345 14.028345 12.804096
2021-04-13 17:00:00 12.172553 12.172553 12.505796
2021-04-12 17:00:00 17.866067 9.064976 12.729440
2021-04-11 17:00:00 15.082696 15.082696 13.037286
2021-04-10 17:00:00 13.124442 13.124442 13.182471
2021-04-09 17:00:00 14.392523 14.392523 13.356382
2021-04-08 17:00:00 12.143233 12.143233 13.548366

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 20.206490 20.206490 18.853983
2021-04-13 17:00:00 13.053892 13.053892 18.331554
2021-04-12 17:00:00 24.390244 18.645251 17.675016
2021-04-11 17:00:00 22.765599 22.765599 17.762395
2021-04-10 17:00:00 19.973719 19.973719 17.497105
2021-04-09 17:00:00 26.657825 26.657825 17.566089
2021-04-08 17:00:00 16.396568 16.396568 17.660768

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 40.268456 40.268456 27.100836
2021-04-13 17:00:00 21.719457 21.719457 26.883602
2021-04-12 17:00:00 52.459016 52.459016 27.846522
2021-04-11 17:00:00 24.137931 24.137931 28.269860
2021-04-10 17:00:00 34.977578 34.977578 27.591572
2021-04-09 17:00:00 27.083333 27.083333 26.307840
2021-04-08 17:00:00 20.000000 20.000000 24.855495

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-14 17:00:00 24.551442 24.551442 24.297410
2021-04-13 17:00:00 23.832659 23.832659 24.303558
2021-04-12 17:00:00 23.128448 23.128448 24.518887
2021-04-11 17:00:00 25.776857 25.776857 24.919540
2021-04-10 17:00:00 21.336032 21.336032 25.151580
2021-04-09 17:00:00 35.160142 35.160142 25.853553
2021-04-08 17:00:00 23.934426 23.934426 26.749865

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 14.050027 14.050027 14.594798
Basilicata 29.551821 29.551821 25.246012
Calabria 15.761821 15.761821 16.207443
Campania 14.342216 14.342216 15.428449
Emilia-Romagna 22.641012 22.641012 35.052120
Friuli Venezia Giulia 17.519380 17.519380 13.604354
Lazio 6.079779 6.079779 6.574758
Liguria 14.817492 14.817492 16.276971
Lombardia 25.075705 25.075705 28.444652
Marche 15.421776 15.421776 13.419429
Molise 7.154213 7.154213 6.016906
P.A. Bolzano 4.193038 4.193038 5.669222
P.A. Trento 44.333333 44.333333 42.189879
Piemonte 20.478156 20.478156 18.455010
Puglia 63.077575 63.077575 39.981411
Sardegna 11.180401 7.750557 9.235888
Sicilia 13.317212 13.317212 13.816941
Toscana 14.028345 14.028345 12.804096
Umbria 20.206490 20.206490 18.853983
Valle d'Aosta 40.268456 40.268456 27.100836
Veneto 24.551442 24.551442 24.297410

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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